Аргинин.Ру - всё об аргинине  
В начало
Контакты
Рекламодателям
 


молекула L-arginine
молекула L-arginine

Нобелевские лауреаты 1998 года:

Ф.Ферчготт

Л.Игнарро

Ф.Мурад

аргинин по 1000 мг 90 капсул производства Solgar

Про аргинин:

Что такое аргинин?
Откуда берется аргинин?
Механизм действия.

Аргинин в медицине:

Сердечная недостаточн.
Стенокардия
Гипертония
Онкология (рак)
Геронтология (старение)
Атеросклероз
Травмы
Ожоги
Гормональный обмен
ВИЧ/СПИД

Где купить аргинин

аргинин по 1000 мг 90 капсул производства Solgar

Библиотека статей:




Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_base has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 21

Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_client has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 615

Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_context has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 1177

Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_articles has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 1529

Warning: Use of undefined constant _SAPE_USER - assumed '_SAPE_USER' (this will throw an Error in a future version of PHP) in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 1090
Авторы: Dundas J, Binkowski TA, DasGupta B, Liang J.
Дата:2007 год, октябрь.

Topology independent protein structural alignment.

  автоматический перевод
BACKGROUND: Identifying structurally similar proteins with different chain topologies can aid studies in homology modeling, protein folding, protein design, and protein evolution. These include circular permuted protein structures, and the more general cases of non-cyclic permutations between similar structures, which are related by non-topological rearrangement beyond circular permutation. We present a method based on an approximation algorithm that finds sequence-order independent structural alignments that are close to optimal. We formulate the structural alignment problem as a special case of the maximum-weight independent set problem, and solve this computationally intensive problem approximately by iteratively solving relaxations of a corresponding integer programming problem. The resulting structural alignment is sequence order independent. Our method is also insensitive to insertions, deletions, and gaps. RESULTS: Using a novel similarity score and a statistical model for significance p-value, we are able to discover previously unknown circular permuted proteins between nucleoplasmin-core protein and auxin binding protein, between aspartate rasemase and 3-dehydrogenate dehydralase, as well as between migration inhibition factor and arginine repressor which involves an additional strand-swapping. We also report the finding of non-cyclic permuted protein structures existing in nature between AML1/core binding factor and ribofalvin synthase. Our method can be used for large scale alignment of protein structures regardless of the topology. CONCLUSION: The approximation algorithm introduced in this work can find good solutions for the problem of protein structure alignment. Furthermore, this algorithm can detect topological differences between two spatially similar protein structures. The alignment between MIF and the arginine repressor demonstrates our algorithm's ability to detect structural similarities even when spatial rearrangement of structural units has occurred. The effectiveness of our method is also demonstrated by the discovery of previously unknown circular permutations. In addition, we report in this study the finding of a naturally occurring non-cyclic permuted protein between AML1/Core Binding Factor chain F and riboflavin synthase chain A.   КОММЕНТАРИИ: выявление структурно аналогичные белки с различными топологиями цепи могут помочь исследования в гомологиях моделирование, фолдинг белков, белок дизайн, и белка эволюции. Они включают циркулярные permuted белковых структур, а также более общих случаях непредставления циклических подстановок между аналогичными структурами, которые имеют отношение к нетопологических перегруппировка за круговой подстановки. Мы представляем один метод основан на приближении алгоритм считает, что последовательность порядка независимые структурные блоки, которые близки к оптимальным. Мы разработке структурного выравнивания проблемой, так как это особый случай максимального веса независимых комплекс проблем, и решить эту проблему интенсивной вычислительной примерно на iteratively решения в отношении соответствующего целочисленного программирования проблемы. В результате структурных выравнивание последовательности тем независимым. Наш метод также чувствительны для вставки, удаления, и пробелы. РЕЗУЛЬТАТЫ: Используя роман сходство показатель и статистическую модель для значения р-значение, мы можем обнаружить ранее неизвестный циркуляр permuted белков между nucleoplasmin-основного белка и оксином обязательного белка, между аспартат rasemase и 3-Дегидрировать dehydralase, а также между фактор ингибирования миграции и аргинина репрессором, который включает в себя дополнительные пряди-обмен. Мы также сообщают о выявлении, не-циклические permuted белковых структур, существующих в природе между AML1/core обязательный фактор и ribofalvin синтазы. Наш метод может быть использован для крупномасштабных выравнивание белковых структур, независимо от топологии. ВЫВОД: В приближении алгоритм внес в эту работу можно найти хорошие решения проблемы выравнивания структуры белка. Кроме того, этот алгоритм можно обнаружить топологического различия между двумя пространственно аналогичных белковых структур. В соответствие между МВС и аргинина репрессор демонстрирует наш алгоритм способность обнаруживать структурные сходства, даже когда пространственные реорганизация структурных подразделений произошло. Эффективность нашего метода является также свидетельствует об обнаружении ранее неизвестных циркуляр подстановок. Кроме того, мы сообщаем в этом исследовании, вывод один, естественно, не происходит-циклические permuted белка между AML1/Core Обязательный фактор цепи Ф и рибофлавин синтазы цепи А.

к списку статей за 2007 год (en)

в библиотеку