Аргинин.Ру - всё об аргинине  
В начало
Контакты
Рекламодателям
 


молекула L-arginine
молекула L-arginine

Нобелевские лауреаты 1998 года:

Ф.Ферчготт

Л.Игнарро

Ф.Мурад

аргинин по 1000 мг 90 капсул производства Solgar

Про аргинин:

Что такое аргинин?
Откуда берется аргинин?
Механизм действия.

Аргинин в медицине:

Сердечная недостаточн.
Стенокардия
Гипертония
Онкология (рак)
Геронтология (старение)
Атеросклероз
Травмы
Ожоги
Гормональный обмен
ВИЧ/СПИД

Где купить аргинин

аргинин по 1000 мг 90 капсул производства Solgar

Библиотека статей:




Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_base has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 21

Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_client has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 615

Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_context has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 1177

Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_articles has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 1529

Warning: Use of undefined constant _SAPE_USER - assumed '_SAPE_USER' (this will throw an Error in a future version of PHP) in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 1090
Авторы:Berezovsky IN, Chen WW, Choi PJ, Shakhnovich EI.
Дата:2005 год, сентябрь.

Entropic stabilization of proteins and its proteomic consequences.

  автоматический перевод
Evolutionary traces of thermophilic adaptation are manifest, on the whole-genome level, in compositional biases toward certain types of amino acids. However, it is sometimes difficult to discern their causes without a clear understanding of underlying physical mechanisms of thermal stabilization of proteins. For example, it is well-known that hyperthermophiles feature a greater proportion of charged residues, but, surprisingly, the excess of positively charged residues is almost entirely due to lysines but not arginines in the majority of hyperthermophilic genomes. All-atom simulations show that lysines have a much greater number of accessible rotamers than arginines of similar degree of burial in folded states of proteins. This finding suggests that lysines would preferentially entropically stabilize the native state. Indeed, we show in computational experiments that arginine-to-lysine amino acid substitutions result in noticeable stabilization of proteins. We then hypothesize that if evolution uses this physical mechanism as a complement to electrostatic stabilization in its strategies of thermophilic adaptation, then hyperthermostable organisms would have much greater content of lysines in their proteomes than comparably sized and similarly charged arginines. Consistent with that, high-throughput comparative analysis of complete proteomes shows extremely strong bias toward arginine-to-lysine replacement in hyperthermophilic organisms and overall much greater content of lysines than arginines in hyperthermophiles. This finding cannot be explained by genomic GC compositional biases or by the universal trend of amino acid gain and loss in protein evolution. We discovered here a novel entropic mechanism of protein thermostability due to residual dynamics of rotamer isomerization in native state and demonstrated its immediate proteomic implications. Our study provides an example of how analysis of a fundamental physical mechanism of thermostability helps to resolve a puzzle in comparative genomics as to why amino acid compositions of hyperthermophilic proteomes are significantly biased toward lysines but not similarly charged arginines.   Эволюционные следы теплолюбивых адаптации проявляются, в целом-геном уровне, в композиционные перекосы в направлении определенных видов аминокислот. Однако, иногда бывает трудно различить их причин и без четкого понимания основных физических механизмов тепловой стабилизации белков. Так, например, известно, что hyperthermophiles характерна большая часть заряженных остатков, но, как это ни удивительно, превышение положительно заряженного остатки почти полностью из-за lysines но не arginines в большинстве hyperthermophilic геномы. Все-атом моделирования показывают, что lysines имеют гораздо большее число доступных rotamers чем arginines аналогичных степень захоронения в сложенном состояний белков. Этот факт свидетельствует о том, что lysines бы предпочтительнее entropically стабилизации родного государства. По сути, мы показываем, в вычислительных экспериментов, которые аргинина на лизин аминокислотных замещений в результате заметно стабилизации белков. Мы hypothesize то, что, если эволюция использует этот физический механизм, в качестве дополнения к электростатической стабилизации в своей стратегии теплолюбивых адаптации, а затем hyperthermostable организмов, будет иметь гораздо большее содержание lysines в их proteomes чем сравнимый размера и аналогичным обвинение arginines. В соответствии с этим, высокой пропускной сравнительный анализ показывает полное proteomes чрезвычайно сильной предвзятости к аргинина на лизин замены в hyperthermophilic организмов, и в целом гораздо более содержание lysines чем arginines в hyperthermophiles. Этот вывод не может быть объяснено геномных GC композиционные предубеждения или универсальной тенденции аминокислот выгоды и потери белка в эволюции. Мы обнаружили здесь роман entropic механизм белка термостойкость вследствие остаточной динамика rotamer изомеризации в нативном состоянии и продемонстрировал его ближайших протеомных последствия. Наше исследование дает пример того, как анализ одного из основных физических механизма термостойкость помогает решить головоломку в сравнительной геномике, почему аминокислотных композиций hyperthermophilic proteomes значительно предвзятой lysines направлении, но не аналогичным обвинение arginines.

к списку статей за 2005 год (en)

в библиотеку