Аргинин.Ру - всё об аргинине  
В начало
Контакты
Рекламодателям
 


молекула L-arginine
молекула L-arginine

Нобелевские лауреаты 1998 года:

Ф.Ферчготт

Л.Игнарро

Ф.Мурад

аргинин по 1000 мг 90 капсул производства Solgar

Про аргинин:

Что такое аргинин?
Откуда берется аргинин?
Механизм действия.

Аргинин в медицине:

Сердечная недостаточн.
Стенокардия
Гипертония
Онкология (рак)
Геронтология (старение)
Атеросклероз
Травмы
Ожоги
Гормональный обмен
ВИЧ/СПИД

Где купить аргинин

аргинин по 1000 мг 90 капсул производства Solgar

Библиотека статей:




Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_base has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 21

Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_client has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 615

Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_context has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 1177

Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_articles has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 1529

Warning: Use of undefined constant _SAPE_USER - assumed '_SAPE_USER' (this will throw an Error in a future version of PHP) in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 1090
Авторы:Wu Y, Cao Z, Yi H, Jiang D, Mao X, Liu H, Li W.
Дата:2004 год, июль.

Simulation of the interaction between ScyTx and small conductance calcium-activated potassium channel by docking and MM-PBSA.

  автоматический перевод
Computational methods are employed to simulate interaction of scorpion toxin ScyTx in complex with the small conductance calcium-activated potassium channel rsk2. All of available 25 structures of ScyTx in the Protein Data Bank determined by NMR were considered for improving performance of rigid protein docking of ZDOCK. Four main binding modes were found among a large number of predicted complexes by using clustering analysis, screening with expert knowledge, energy minimization, and molecular dynamics simulations. The quality and validity of the resulting complexes were further evaluated by molecular dynamics simulations with the generalized Born solvation model and by calculation of relative binding free energies with the molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area (MM-PBSA) in the AMBER 7 suit of programs. The complex formed by the 22nd structure of the ScyTx and rsk2 channel was identified as the most favorable complex by using a combination of computational methods, which contain further introduction of flexibility without restraining residue side chain. From the resulted spatial structure of the ScyTx and rsk2 channel, ScyTx associates the mouth of the rsk2 channel with alpha-helix rather than beta-sheet. Structural analysis first revealed that Arg(13) played a novel and vital role of blocking the pore of the rsk2 channel, whose role is remarkably different from that of highly homologous scorpion toxin P05. Between the interfaces in the ScyTx-rsk2 complex, strong electrostatic interaction and hydrogen bonds exist between Arg(13) of ScyTx and Gly-Tyr-Gly-Asp sequential residues located in the four symmetrical chains of the pore region. Simultaneously, five hydrogen bonds between Arg(6) of ScyTx and Asp(341)(C), Val(366)(C), and Pro(367)(C), and electrostatic interaction between Arg(6) of ScyTx and Asp(364)(B) and Asp(341)(C) are also found by structural analysis. In addition, His(31) located at the C-terminal of ScyTx is surrounded by Val(342)(A), Asp(364)(A), Met(365)(A), Pro(367)(B), and Asn(366)(B) within a contact distance of 4.0 A. These simulation results are in good agreement with experimental data and can effectively explain the binding phenomena between ScyTx and the potassium channel at the level of molecular spatial structure. The consistency between results of molecular modeling and experimental data strongly suggests that our spatial structure model of the ScyTx-rsk2 complex is reasonable. Therefore, molecular docking combined with molecular dynamics simulations followed by molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area analysis is an attractive approach for modeling scorpion toxin-potassium channel complexes a priori for further biological studies.   Вычислительных методов, используемых для моделирования взаимодействия токсинов скорпиона ScyTx в комплексе с малыми проводимости кальция в действие калия канал rsk2. Все имеющиеся 25 структур ScyTx в Протеин банка данных определяется ЯМР были рассмотрены для улучшения производительности жестких белка стыковка ZDOCK. Четыре основных обязательных видов были найдены среди большого числа прогнозам комплексов с помощью кластеризации анализ, проверка с помощью экспертных знаний, энергии к минимуму, и молекулярной динамики моделей. Качество и достоверность в результате комплексы были дополнительно оценены молекулярной динамики моделирования с обобщенными Родился сольватации модели и расчет относительной обязательной бесплатной энергии с молекулярной механики Пуассона-Больцмана площадь (ММ-PBSA) в AMBER 7 примеру программ . Комплекс формируется на 22 структуры из ScyTx и rsk2 канала была определена как наиболее выгодная комплекс, используя комбинацию вычислительных методов, которые содержат дополнительные введения запретительных гибкость без остатка боковой цепи. В результате пространственной структуры в ScyTx и rsk2 канал, ScyTx сообщников устье реки rsk2 канал с альфа-спирали, а не бета-лист. Структурный анализ показал, что первое Арг (13) сыграл роман и жизненно важную роль в блокировании поровой из rsk2 канал, чья роль заметно отличается от высокопатогенного гомологичные скорпиона токсина P05. Между интерфейсами в ScyTx-rsk2 сложные, сильные электростатические взаимодействия и водородных связей между Арг (13) от ScyTx и Gly-Tyr-Gly-Асп последовательном остатков, расположенных в четырех симметрично цепей поровой региона. Одновременно, пять водородных связей между Арг (6) от ScyTx и Асп (341) (C), Валь (366) (C) и Pro (367) (C), и электростатического взаимодействия между Арг (6) от ScyTx и Асп (364) (B), и Асп (341) (C), также найдены структурного анализа. Кроме того, Его (31), расположенных на C-терминал ScyTx окружен Вал (342) (А), Асп (364) (А), Мет (365) (А), Pro (367) (Б), и Asn (366) (B) в рамках контактной расстоянии 4,0 А. Эти результаты моделирования хорошо согласуются с экспериментальными данными и может эффективно объяснить обязательного явлений между ScyTx и калия канала на уровне молекулярной пространственной структуры. В соответствие между результатами молекулярного моделирования и экспериментальные данные убедительно свидетельствуют о том, что наша модель пространственной структуры из ScyTx-rsk2 комплекса является разумным. Поэтому, молекулярной стыковки в сочетании с молекулярной динамики моделей следуют молекулярной механики Пуассона-Больцмана площадь анализа является привлекательным подход к моделированию токсинов скорпиона-калия канал комплексов априори дальнейших биологических исследований.

к списку статей за 2004 год (en)

в библиотеку