Аргинин.Ру - всё об аргинине  
В начало
Контакты
Рекламодателям
 


молекула L-arginine
молекула L-arginine

Нобелевские лауреаты 1998 года:

Ф.Ферчготт

Л.Игнарро

Ф.Мурад

аргинин по 1000 мг 90 капсул производства Solgar

Про аргинин:

Что такое аргинин?
Откуда берется аргинин?
Механизм действия.

Аргинин в медицине:

Сердечная недостаточн.
Стенокардия
Гипертония
Онкология (рак)
Геронтология (старение)
Атеросклероз
Травмы
Ожоги
Гормональный обмен
ВИЧ/СПИД

Где купить аргинин

аргинин по 1000 мг 90 капсул производства Solgar

Библиотека статей:




Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_base has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 21

Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_client has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 615

Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_context has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 1177

Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_articles has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 1529

Warning: Use of undefined constant _SAPE_USER - assumed '_SAPE_USER' (this will throw an Error in a future version of PHP) in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 1090
Авторы:Im W, Roux B.
Дата:2002 год, июнь.

Ions and counterions in a biological channel: a molecular dynamics simulation of OmpF porin from Escherichia coli in an explicit membrane with 1 M KCl aqueous salt solution.

  автоматический перевод
A 5 ns all-atom molecular dynamics trajectory of Escherichia coli OmpF porin embedded in an explicit dimyristoyl-phosphatidylcholine (DMPC) bilayer bathed by a 1 M [KCl] aqueous salt solution is generated to explore the microscopic details of the mechanism of ion permeation. The atomic model includes the OmpF trimer, 124 DMPC, 13470 water molecules as well as 231 K+ and 201 Cl-, for a total of 70,693 atoms. The structural and dynamical results are in excellent agreement with the X-ray data. The global root-mean-square deviation of the backbone atoms relative to the X-ray structure is 1.4 A. A cluster of three fully charged arginine (Arg42, Arg82, and Arg132) facing two acidic residues (Asp113 and Glu117) on L3 in the narrowest part of the aqueous pore is observed to be very stable in the crystallographic conformation. In this region of the pore, the water molecules are markedly oriented perpendicular to the channel axis due to the strong transversal electrostatic field arising from those residues. On average the size of the pore is smaller during the simulation than in the X-ray structure, undergoing small fluctuations. No large movements of loop L3 leading to a gating of the pore are observed. Remarkably, it is observed that K+ and Cl- follow two well-separated average pathways spanning over nearly 40 A along the axis of the pore. In the center of the monomer, the two screw-like pathways have a left-handed twist, undergoing a counter-clockwise rotation of 180 degrees from the extracellular vestibule to the pore periplasmic side. In the pore, the dynamical diffusion constants of the ions are reduced by about 50% relative to their value in bulk solvent. Analysis of ion solvation across the channel reveals that the contributions from the water and the protein are complementary, keeping the total solvation number of both ions nearly constant. Unsurprisingly, K+ have a higher propensity to occupy the aqueous pore than Cl-, consistent with the cation selectivity of the channel. However, further analysis suggests that ion-ion pairs play an important role. In particular, it is observed that the passage of Cl- occurs only in the presence of K+ counterions, and isolated K+ can move through the channel and permeate on their own. The presence of K+ in the pore screens the negative electrostatic potential arising from OmpF to help the translocation of Cl- by formation of ion pairs. (c) 2002 Elsevier Science Ltd.   A 5 нс все-атом молекулярной динамики траектории Эшерихия коли OmpF porin встроенный в явном dimyristoyl-фосфатидилхолин (DMPC) бислоя купался в 1 M [KCl] водного солевого раствора создается для изучения микроскопических деталей механизма ионного пропитывание. Атомарная модель включает OmpF trimer, 124 DMPC, 13470 молекул воды, а также 231 K + и Cl-201, в общей сложности на 70693 атомов. Структурные и динамические результаты в отличном согласии с рентгеновских данных. Глобальная корня означает-квадрат отклонение позвоночника атомов по сравнению с рентгеновской структуры на 1,4 А. В группе из трех полностью заряженном аргинина (Arg42, Arg82 и Arg132) сталкиваются два кислотных остатков (Asp113 и Glu117) на L3 в в узкой части водного пор наблюдается быть очень стабилен в кристаллографических конформацию. В этом регионе поровой, с молекулами воды заметно ориентированных перпендикулярно оси фарватера из-за сильной поперечном электростатическом поле, вытекающих из этих остатков. В среднем размер поровой меньше, в ходе моделирования, чем в рентгеновском структуру, претерпевает небольшие изменения. Нет больших движений круговых L3, ведущих к gating из пор наблюдаются. Примечательно, он отметил, что K + и Cl-последующие два хорошо разделенных среднем путей, охватывающих почти 40 А вдоль оси поровой. В центре мономера, два винта-как и путей есть левой рукой поворот, проходит против часовой стрелки вращения на 180 градусов из внеклеточного вестибюль с поровой periplasmic стороне. В пор, динамических констант диффузии ионов снижается примерно на 50% по сравнению с их стоимостью в основную часть растворителя. Анализ сольватации ионов через канал показывает, что взносы из воды и белка являются взаимодополняющими, сохраняя общее число сольватации обоих ионов почти неизменным. Неудивительно, K + имеют более высокую предрасположенность к занимают водные пор, чем Cl-в соответствии с катионов селективность канала. Однако, дальнейший анализ показывает, что ионно-ионной пары играют важную роль. В частности, она отметила, что с течением Cl-происходит только в присутствии K + counterions, и изолированных K + могут перейти через канал и проникнуть на их собственные. Присутствие K + в поровой экраны негативных электростатический потенциал, возникающие в связи с OmpF помочь транслокации Cl-путем формирования ионных пар. () 2002 Elsevier Science ООО

к списку статей за 2002 год (en)

в библиотеку