Аргинин.Ру - всё об аргинине  
В начало
Контакты
Рекламодателям
 


молекула L-arginine
молекула L-arginine

Нобелевские лауреаты 1998 года:

Ф.Ферчготт

Л.Игнарро

Ф.Мурад

аргинин по 1000 мг 90 капсул производства Solgar

Про аргинин:

Что такое аргинин?
Откуда берется аргинин?
Механизм действия.

Аргинин в медицине:

Сердечная недостаточн.
Стенокардия
Гипертония
Онкология (рак)
Геронтология (старение)
Атеросклероз
Травмы
Ожоги
Гормональный обмен
ВИЧ/СПИД

Где купить аргинин

аргинин по 1000 мг 90 капсул производства Solgar

Библиотека статей:




Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_base has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 21

Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_client has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 615

Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_context has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 1177

Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_articles has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 1529

Warning: Use of undefined constant _SAPE_USER - assumed '_SAPE_USER' (this will throw an Error in a future version of PHP) in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 1090
Авторы: Al-Lazikani B, Sheinerman FB, Honig B.
Дата:2001 год, декабрь.

Combining multiple structure and sequence alignments to improve sequence detection and alignment: application to the SH2 domains of Janus kinases.

  автоматический перевод
In this paper, an approach is described that combines multiple structure alignments and multiple sequence alignments to generate sequence profiles for protein families. First, multiple sequence alignments are generated from sequences that are closely related to each sequence of known three-dimensional structure. These alignments then are merged through a multiple structure alignment of family members of known structure. The merged alignment is used to generate a Hidden Markov Model for the family in question. The Hidden Markov Model can be used to search for new family members or to improve alignments for distantly related family members that already have been identified. Application of a profile generated for SH2 domains indicates that the Janus family of nonreceptor protein tyrosine kinases contains SH2 domains. This conclusion is strongly supported by the results of secondary structure-prediction programs, threading calculations, and the analysis of comparative models generated for these domains. One of the Janus kinases, human TYK2, has an SH2 domain that contains a histidine instead of the conserved arginine at the key phosphotyrosine-binding position, betaB5. Calculations of the pK(a) values of the betaB5 arginines in a number of SH2 domains and of the betaB5 histidine in a homology model of TYK2 suggest that this histidine is likely to be neutral around pH 7, thus indicating that it may have lost the ability to bind phosphotyrosine. If this indeed is the case, TYK2 may contain a domain with an SH2 fold that has a modified binding specificity.   В этом документе, такой подход описан, который объединяет несколько структуры союзов и многочисленные последовательность согласования для получения последовательности профилей для белка семей. Во-первых, несколько последовательность согласования образуются из последовательностей, которые тесно связаны друг с последовательностью известных трехмерную структуру. Эти блоки затем объединены через несколько структуры выравнивание членов семьи известных структуры. Объединенная выравнивание используется для создания Скрытые Марковские модели семьи, о которых идет речь. Скрытый Марков Модель может быть использована для поиска новых членов семьи или для улучшения выравнивания для distantly связанных с членами семьи, которые уже были определены. Применение профиль создается для SH2 доменов свидетельствуют о том, что Янус семье nonreceptor белка тирозин киназ содержит SH2 доменами. Этот вывод убедительно подтверждают результаты вторичной структуры-предсказание программ, резьбовые расчетов, а также сравнительный анализ моделей, созданный для этих доменов. Один из Janus киназы, прав TYK2, имеет SH2-домена, который содержит гистидина, а не на сохранение аргинина на ключевых phosphotyrosine-обязательные положения, betaB5. Расчеты с pK (а) значений для betaB5 arginines в ряде SH2 доменов, а также betaB5 гистидина в гомологии модель TYK2 предположить, что это гистидина, скорее всего, будет нейтральным рН около 7, что свидетельствует о том, что он, возможно, потерял способность связывать phosphotyrosine. Если это действительно имеет место, TYK2 могут содержать области с SH2 раза, что имеет обязательную силу измененных специфику.

к списку статей за 2001 год (en)

в библиотеку