Аргинин.Ру - всё об аргинине  
В начало
Контакты
Рекламодателям
 


молекула L-arginine
молекула L-arginine

Нобелевские лауреаты 1998 года:

Ф.Ферчготт

Л.Игнарро

Ф.Мурад

аргинин по 1000 мг 90 капсул производства Solgar

Про аргинин:

Что такое аргинин?
Откуда берется аргинин?
Механизм действия.

Аргинин в медицине:

Сердечная недостаточн.
Стенокардия
Гипертония
Онкология (рак)
Геронтология (старение)
Атеросклероз
Травмы
Ожоги
Гормональный обмен
ВИЧ/СПИД

Где купить аргинин

аргинин по 1000 мг 90 капсул производства Solgar

Библиотека статей:




Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_base has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 21

Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_client has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 615

Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_context has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 1177

Deprecated: Methods with the same name as their class will not be constructors in a future version of PHP; SAPE_articles has a deprecated constructor in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 1529

Warning: Use of undefined constant _SAPE_USER - assumed '_SAPE_USER' (this will throw an Error in a future version of PHP) in /home/ih72672/public_html/arginine.ru/1152e72650d4093c1a42c7534a7d7797/sape.php on line 1090
Авторы: Mardis KL, Luo R, Gilson MK.
Дата:2001 год, май.

Interpreting trends in the binding of cyclic ureas to HIV-1 protease.

  автоматический перевод
The design of new HIV protease inhibitors requires an improved understanding of the physical basis of inhibitor/protein binding. Here, the binding affinities of seven aliphatic cyclic ureas to HIV-1 protease are calculated using a predominant states method and an implicit solvent model based upon finite difference solutions of the Poisson-Boltzmann equation. The calculations are able to reproduce the observed U-shaped trend of binding free energy as a function of aliphatic chain length. Interestingly, the decrease in affinity for the longest chains is attributable primarily to the energy cost of partly desolvating charged aspartic and arginine groups at the mouths of the active site. Even aliphatic chains too short to contact these charged groups directly are subject to considerable desolvation penalties. We are not aware of other systems where binding affinity trends have been attributed to long-ranged electrostatic desolvation of ionized groups. A generalized Born/surface area solvation model yields a much smaller change in desolvation energy with chain length and, therefore, does not reproduce the experimental binding affinity trends. This result suggests that the generalized Born model should be used with caution for complex, partly desolvated systems like protein binding sites. We also find that changing the assumed protonation state of the active site aspartyl dyad significantly affects the computed binding affinity trends. The protonation state of the aspartyl dyad in the presence of cyclic ureas is discussed in light of the observation that the monoprotonated state reproduces the experimental results best. Copyright 2001 Academic Press.   Разработка новых ингибиторов протеазы ВИЧ требует более глубокого понимания физической основе ингибитора / белка обязательными. Здесь, обязательный близости семи алифатические циклические ureas к ВИЧ-1 протеазы рассчитываются с использованием преобладающей говорится, метод и неявной растворителя модель, основанная на конечных разностей решений Пуассона-Больцмана уравнение. Вычисления в состоянии воспроизвести наблюдаемые U-формируется тенденция связывания свободной энергии в зависимости от длины цепи алифатических. Интересно, что сокращение в близости к длинной цепи объясняется главным образом энергетических затрат частично desolvating обвинение аспарагиновой и аргинина групп, в устьях активного сайта. Даже алифатических цепей слишком коротким связаться эти обвинения группировки, которые непосредственно подвергаются значительным desolvation наказания. Мы не знаем других систем, где аффинностью тенденции, отнесены к давно колебался электростатических desolvation ионизированных групп. Обобщенное Родился / площадь сольватации модель дает гораздо меньше изменений в desolvation энергии с длиной цепи, и, следовательно, не воспроизводят экспериментальные аффинностью тенденций. Этот результат свидетельствует о том, что обобщенные Родился модель следует использовать с осторожностью, для сложных, частично desolvated систем, как белка сайты связывания. Мы также считаем, что изменение себя protonation состояние активного сайт aspartyl dyad существенно влияет на вычисляется аффинностью тенденций. В protonation о состоянии aspartyl dyad в присутствии циклических ureas рассматривается в свете замечания о том, что monoprotonated состояние воспроизводит экспериментальные результаты лучше. Copyright 2001 Academic Press.

к списку статей за 2001 год (en)

в библиотеку